Pirmie ieraksti par muižu atrodami 1494.gadā. Tie stāsta, ka pirmais muižas īpašnieks bija bruņinieku pēctecis Jirgens fon Firkss, kas 1494. gadā saņēma lēnī zemi no Livonijas ordeņa Kuldīgas komturejas un uzcēla te pirmo namu. Muižas nosaukums radies no tās pirmā īpašnieka uzvārda – Firkss, kas vēlāk pārveidots uz latviešu valodu kā Virks. Vēlāk Firksu dzimta zemi pārdevusi hercogam Pēterim Bīronam, kurš to tālāk iztirgojis fon der Brinkenam, savukārt tas to pārdevis Verneram for Bēram no Ugāles, līdz muižu nopircis viens no slavenajiem fon Sakeniem.
Iesākumā Virkas muiža celta kā vasaras muiža, izmantojot šveices māju stilistikas paraugu, bet vēlāk iekļāvusies Kulīgas pilsētas apbūvē. Kādu laiku muiža kalpojusi arī kā daudzdzīvokļu māja vietējiem iedzīvotājiem.
Gadu gaitā, muiža ir izgājusi cauri dažādiem pārbaudījumiem – otrā pasaules kara laikā te ir bijis krievu karavīru hospitālis. Karam beidzoties te tiek izvietota mašīnu un traktoru stacija. 60.gados kopmītnes, 1991.gadā šeit tiek izveidots kungu nams, nedaudz vēlāk arī vīna un minigolfa klubs, tūrisma informācijas centrs un, pat netradicionālās medicinas iestāde.
Kopš 2014.gada muižai ir piešķirts vietējās nozīmes arhitektūras pieminekļa statuss. Virkas muiža ir vienīgā koka muiža Kuldīgā.
Muižas ēkas priekšpusē atrodas parks, kas izveidots 19.gadsimtā. Tajā kādu laiku atradusies skaista betona strūklaka, kuru 1952.gadā veidojusi Kuldīgas daiļamatniecības studente Ramona Zomerfelde. Diemžēl strūklaka 70. gados tikusi demontēta un tās daļas, tagad, tiek izmantotas kā puķu podi.
Šobrīd liels darbs un investīcijas tiek ieguldītas muižas renovācijā, kur tiek meklēti risinājumi kā apvienot senatnes elpu ar mūsdienu prasībām, lai viesi justos ērti, gaidīti, mīlēti un lutināti. Nākotnē muižā ir paredzēts ierīkot arī SPA telpas, kur viesi varēs pilnībā atpūsties un aizmukt no ikdienas steigas.
Lai arī muižas leģenda ir kā liels noslēpums, maz atrodamās informācijas dēļ, bet tāpat kā senāk, muiža turpina būt patvērums un veldze, gan romantiska tipa, gan miera meklētāju ceļotājiem.